工厂与劳动者签订三个月的劳动合同是否合法，需结合法律规定和实际情况判断。
工厂签三个月合同合法。
1. 若双方协商一致签订三个月固定期限劳动合同：根据法律规定，固定期限劳动合同期限可由双方自主约定，三个月属于合法的期限范围，合同效力受法律保护。
2. 若签订的是“以完成一定工作任务为期限”的劳动合同：若三个月内的工作任务明确（如短期项目、季节性生产），该合同类型同样合法，任务完成后合同即终止。
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工厂签订三个月合同可能存在以下法律风险，需劳动者提前防范。
1. 频繁续签短期合同的风险：若工厂与同一劳动者连续签订3次以上三个月短期合同，可能被认定为“规避无固定期限劳动合同义务”。例如：劳动者王某连续与工厂签订4次三个月合同，到期后工厂拒绝续签，王某申请仲裁时，仲裁委可能裁定工厂需支付未签订无固定期限合同的二倍工资差额。
2. 社保缴纳缺失的风险：部分工厂以“合同期限短、手续繁琐”为由不缴纳社保，若劳动者在此期间发生工伤，将无法通过工伤保险基金理赔。例如：劳动者李某签订三个月合同后因工受伤，工厂未缴纳社保，李某的医疗费、伤残补助金等需全部由工厂承担，若工厂拒绝支付，李某需通过诉讼维权，耗时耗力。
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工厂签三个月合同的合法性，可依据《中华人民共和国劳动合同法》的具体条款进行验证。
根据2012年修正版《中华人民共和国劳动合同法》第十二条规定：“劳动合同分为固定期限劳动合同、无固定期限劳动合同和以完成一定工作任务为期限的劳动合同。” 工厂与劳动者签订的三个月合同，若属于固定期限劳动合同，因法律未对固定期限的最短期限设限，双方协商一致即可合法订立；若属于以完成一定工作任务为期限的劳动合同（如三个月内完成特定订单生产），也符合该法条对合同类型的分类。因此，只要合同类型符合上述规定且系双方真实意愿，三个月合同即合法有效。
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工厂签订三个月合同的合法性可能受以下特殊情况影响，需区别处理。
1. 劳动者处于试用期的特殊情形：若工厂与劳动者签订三个月合同且约定试用期，根据法律规定，三个月合同的试用期不得超过一个月。若工厂约定两个月试用期，该试用期条款无效，劳动者可主张试用期超期部分按正式工资标准支付报酬。
2. 以完成一定工作任务为期限的特殊情形：若三个月合同约定“完成某批订单后终止”，但订单实际两个月完成，工厂需提前终止合同的，需举证证明“工作任务已完成”，否则可能被认定为违法解除，需支付赔偿金。
3. 劳动者临近退休年龄的特殊情形：若劳动者距法定退休年龄不足三个月，工厂与其签订三个月合同，合同到期时劳动者已达退休年龄，将无法主张经济补偿，且无法享受失业保险待遇，影响退休后的生活保障。

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